Studie publikovaná v časopise British Journal of Nutrition ukázala, že po konzumaci bezlepkové stravy se snižuje ve střevech populace prospěšných bakterií (Bifidobacterium, Lactobacillus and Bifidobacterium longum), zatímco počet Enterobacteriaceae a Escherichia coli se zvyšuje.

Výzkumníci ve Španělsku analyzovali střevní mikroflóru u deseti dospělých zdravých jedinců s průměrným věkem 30 let, kteří po dobu jednoho měsíce konzumovali bezlepkovou stravu. Před a po konzumaci bezlepkové stravy nebyly zjištěny žádné významné rozdíly v příjmu dietetických faktorů, kromě polysacharidů. Vliv bezlepkové stravy na složení střevní mikroflóry je třeba brát do úvahy při léčbě celiaků.