Alokace pro roky 2004 a 2005 činila v korunách přibližně 26 miliard. Částka určená pro rok 2004 byla včas a v plné výši vyčerpána již před koncem roku 2006. Zpráva, kterou zpracoval Rámec podpory Společenství, uvádí, že z částky 19 miliard, potřebné ke splnění pravidla n+2 pro rok 2005, již bylo k 30. 9. 2007 vyčerpáno 16 miliard korun. V rámci operačního programu byly ve stejném období přijaty žádosti o platby v hodnotě 20,5 miliard korun. To znamená, že do konce roku 2007 Česká republika přijala žádosti v hodnotě o 1,5 miliard korun vyšší, než je nutné pro to, aby Česká republika o evropské dotace nepřišla.

Nejúspěšnějším operačním programem pro období 2004-2006 se stal Společný regionální operační program (SROP) spravovaný ministerstvem pro místní rozvoj. Jeho hlavním cílem je podporovat vyvážený rozvoj regionů ČR. SROP již vyplatil na účty příjemců dotace přes 8,5 miliard korun. V poměru k jeho celkové alokaci činí tato částka přibližně 80 %, což potvrdilo pozici SROPu jako nejúspěšnějšího programu. Největší podíl na tomto úspěchu má opatření zaměřené na budování infrastruktury pro rozvoj lidských zdrojů, v jehož rámci už bylo proplaceno přes 84 % všech přidělených prostředků.

Dalším velmi úspěšným operačním programem je Operační program Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství spravovaný ministerstvem zemědělství, z něhož bylo dosud žadatelům vyplaceno přes 72 % přidělených prostředků.