Původním cílem Komise EU bylo, aby se novelizací nařízení 2092/91/ES zjednodušil a zpřehlednil obchod s biopotravinami mj. i používáním jednotné značky v celé EU. V prosinci 2006 se ministři zemědělství zemí EU usnesli, že nařízení bude novelizováno, a odsouhlasili hlavní část textu. Předem ale bylo dohodnuto, že soukromoprávní standardy budou moci mít i v budoucnu přísnější požadavky a že bude i nadále možné, aby byly vedle společné eko-značky EU používány vlastní značky. To je podle ekologických producentů rozhodující pro možnost diferenciace na trhu s biopotravinami.

Původní nařízení 2092/91/ES je kompletně přepracované. Nově je upraven chov ryb, ale nejsou zahrnuty nepotravinářské produkty ekologického zemědělství, ani nejsou obsažena pravidla pro společné stravování. V budoucnu nebude povoleno označovat eko-značkou produkty z přechodného období. Je sjednocen limit pro označení bioproduktu. Dříve muselo nejméně 70 až 95 % hmotnosti výrobku pocházet z ekologické produkce, nyní platí pro veškerou produkci limit min. 95 %. V průběhu dalších jednání se očekávají jen menší úpravy a zpracování technických příloh.

Spory panují ohledně hranice pro GMO, která je nově stanovena stejně jako v konvenčním zemědělství na hodnotu 0,9 % (náhodný a technicky nevyhnutelný výskyt). Dříve byla „nulová tolerance“ Nadále však samozřejmě platí zákaz záměrného použití GMO v ekologické produkci. Členské státy sice mohou národními předpisy stanovit přísnější předpisy, ale ekologičtí producenti příslušného státu by na to dopláceli, protože by museli financovat rozbory prokazující nižší množství GMO.