Částku kolem 3,26 miliardy korun si podle odhadů vyžádají letos a v příštím roce investice do ochrany vod před znečištěním dusičnany ze zemědělství. Část z těchto investic se podle předpokladů přesune ještě do roku 2008. Jde především o výdaje na dostavbu nebo obnovu skladovacích kapacit pro statková hnojiva a na úpravu a zařízení stájí. Na financování se mají podílet tak jako dosud evropské fondy, stát a z více než poloviny samotné zemědělské podniky.

Aktualizovanou strategii financování tzv. nitrátové směrnice EU projedná ve středu vláda. Za roky 2002 až 2007 by měly celkové investiční náklady na ochranu vod před dusičnany ze zemědělství dosáhnout asi 5,46 miliardy korun. Z toho zhruba 2,2 miliardy již bylo na tento účel vynaloženo v letech 2002 až 2005. Z celkových více než pěti miliard připadá 2,99 miliardy na soukromé zdroje zemědělců, zhruba 1,75 miliardy má dosáhnout příspěvek evropských fondů a 720 miliony by se měl podílet stát v rámci spolufinancování evropských peněz.
Podle prezidenta Agrární komory Jana Veleby je plnění požadavků směrnice pro zemědělce značnou finanční zátěží i přes podpory poskytované v rámci programů pro čerpání evropských fondů. Navíc ne všichni na evropské peníze dosáhnou.
Neinvestiční náklady se podle odhadu pohybují kolem 25 milionů ročně. Jde o prostředky na splnění administrativních a technických požadavků nitrátové směrnice, jako je monitoring jakosti vod, revize zranitelných oblastí a školící činnost.
Nitrátová směrnice je založena na tom, že se vymezí oblasti, které jsou znečištěním dusičnany zranitelné. V rámci čtyřletého akčního programu se pak stanoví povinné způsoby hospodaření v těchto regionech. Například se vymezuje období, kde je zakázáno použití určitých druhů hnojiv, stanovují se minimální kapacity skladů pro statková hnojiva a upravují se i způsoby obhospodařování půdy.