Stát zatím nerozhodl, jakým způsobem podpoří přimíchávání biopaliv do pohonných hmot. Do benzinů se má biosložka plošně přidávat od roku 2007. O způsobu zavedení biopaliv na domácím trhu pohonných hmot bude údajně jednat až nová vláda. Uvažuje se o přímých dotacích výrobcům, plošném přimíchávání bez podpor nebo o podpoře vratkou spotřební daně.

Z materiálu, který dnes MZe zveřejnilo na internetu, plyne, že vratka spotřební daně by stát vyšla v příštím roce asi na 1,2 až 2,3 miliardy korun. Tyto peníze by měly zajistit, že přimíchávání biopaliv, která jsou dražší, nezvedne ceny pohonných hmot. Vratka podle materiálu funguje v řadě zemí EU. Vyžadovala by však souhlas Evropské komise, která se již při dřívějších konzultacích k navrženému systému daňové úlevy v ČR postavila záporně.
Tato varianta se nelíbí ani společnosti Čepro, která tvrdí, že by přišla řádově o stovky milionů kvůli poklesu velkoobchodní činnosti a snížení přepravy pohonných hmot produktovody. Pro výrobce by totiž při vratce bylo výhodné rozvážet benziny i na větší vzdálenosti autocisternami či po železnici.
Přímá podpora výrobcům biopaliv by v příštím roce podle kalkulací stála státní rozpočet asi 1,06 až 2,03 miliardy korun. Díky tomu by biosložka neměla zvednout ceny pohonných hmot. EK tuto možnost hodnotila jako druhou nejpřijatelnější, systém dotací by ale musela schválit.
Povinné přimíchávání biopaliv bez podpor by nezatížilo státní rozpočet, který by si naopak polepšil asi o půl až tři čtvrtě miliardy ročně na vyšším výběru DPH. Variantu preferovala EK i analytici. Podle odhadů by ale bez dotace zdražil benzin s biolihem o 0,2 až 0,4 koruny na litr a nafta s příměsí metylesteru řepkového oleje zhruba o 0,5 až 0,6 koruny na litr. Výrobci pohonných hmot navíc takové povinné přimíchávání označují za diskriminační, protože například v Německu či Rakousku jsou biopaliva podporována.