Spotřeba vody na vypěstování biomasy je o mnoho vyšší než u jiných forem výroby energie. Vědci z Univerzity Twente publikovali v časopise Proceedings of the National Academy of Science (PNAS) studii, ve které jako příklad uvedli potřebu vody pro vypěstování 13 různých plodin vhodných pro produkci biomasy. Výzkum obohatili o údaje z různých regionů, na na jejichž základě je možné stanovit nejvhodnější oblast pěstování z hlediska spotřeby vody pro každou ze sledovaných plodin. V průměru je potřebných 14 000 litrů vody na výrobu 1 litru bionafty z řepky olejky. Spotřeba vody u řepky olejky je v západní Evropě značně nižší než spotřeba vody v Asii. Jatropa je na produkci biomasy z hlediska spotřeby vody méně vhodná, na 1 litr bionafty je potřeba až 20 000 litrů vody. Favoritem pro výrobu biopaliv je řepa cukrová – na 1 litr bioetanolu je potřeba jen 1 400 litrů vody.