V pátek 13. dubna 2007 proběhlo jednání Vládního výboru pro vyjednávání Národního strategického referenčního rámce (NSRR), a to jak jeho předsednictva pod vedením ministra pro místní rozvoj Jiřího Čunka, místopředsedy vlády Alexandra Vondry a ministra financí Miroslava Kalouska, tak i celého složení Vládního výboru, kde jsou členy zástupci jednotlivých řídících orgánů. Vládní výbor schválil detailní pozice pro mandát vyjednávacího týmu, který dne 17. dubna 2007 vedl jednání s Evropskou komisí (EK) o NSRR.

Hlavním bodem jednání s EK zastoupenou paní Katarínou Mathernovou byla „architektura“ NSRR, kde česká strana obhájila navrhovanou podobu NSRR a EK ji vzala na vědomí. Vyjednávací tým byl úspěšný i v dalších bodech jednání, a to například v zachování dvou samostatných operačních programů – OP Výzkum a vývoj pro inovace a OP Podnikání a inovace. Při jednání o operačních programech hrazených z Evropského sociálního fondu česká strana přesvědčivě obhájila svoje stanovisko.

Evropská komise přivítala posilující koordinační roli Ministerstva pro místní rozvoj ČR v procesu vyjednávání NSRR doprovázenou organizačními změnami a doplněním potřebné administrativní kapacity. Zástupce ministerstva vnitra představil strategii Efektivní veřejná správa a přátelské veřejné služby, kterou EK velmi kladně přijala.

V současné době EK dopracovává tzv. poziční dokument k českému NSRR se svými připomínkami, které byly z velké části prodiskutovány a vysvětleny na jednání v Bruselu.