Použije-li zaměstnanec na pracovní cestě vlastní vozidlo, přísluší mu jednak základní náhrada a jednak náhrada za pohonné hmoty. Vlastním vozidlem se rozumí jiné vozidlo než patřící zaměstnavateli (tedy třeba i půjčené od rodinného příslušníka).

Smyslem základní náhrady je finančně kompenzovat opotřebení vozidla na pracovní cestě, neboť náklady spojené s pořízením či nájmem vozidla a péčí o ně jsou osobní záležitostí zaměstnance. Sazba základní náhrady je stanovena přímo zákoníkem práce na 3,80 Kč/km. Zaměstnavatel, který spadá do podnikatelské sféry, přitom může se zaměstnancem nově sjednat i sazbu vyšší, což je vyjádřením vyšší smluvní volnosti v pracovněprávních vztazích. Z daňového hlediska jde sice o uznatelný výdaj, ale na straně zaměstnance o zdanitelný příjem [§ 6 odst. 7 písm. a) ZDP].

Minimální základní náhrada pro jednostopá vozidla je 1 Kč/km a pro nákladní automobily, autobusy nebo traktory dvojnásobná částka základní náhrady pro osobní vozidla.

Druhým typem náhrady je náhrada výdajů za pohonné hmoty. Výši nároku na náhradu zaměstnanec prokazuje cenu dokladem o nákupu, z něhož je patrná souvislost s pracovní cestou. Předloží-li více dokladů, zaměstnavatel vypočte aritmetický průměr cen pohonných hmot. I nadále přitom platí, že zaměstnanec cenu pohonných hmot prokazovat nemusí. Neučiní-li tak, použijí se údaje z vyhlášky MPSV č. 577/2006 Sb.

Z technického průkazu zaměstnavatel zjistí spotřebu pohonných hmot vozidla, a to z údaje o spotřebě pro kombinovaný provoz podle norem Evropských společenství (§ 158 odst. 4 ZP). Není-li tento údaj uveden, vypočítá spotřebu aritmetickým průměrem hodnot uvedených v technickém průkazu). Posledním potřebným údajem je pak počet ujetých kilometrů, který poskytne zaměstnanec jako podklad pro výpočet náhrad a uvede jej v cestovním příkazu.